COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 15.321249 15.321249 14.537704
2021-04-25 17:00:00 14.524942 14.524942 14.628607
2021-04-24 17:00:00 12.559996 12.559996 14.697124
2021-04-23 17:00:00 14.922159 14.922159 14.795964
2021-04-22 17:00:00 14.445795 14.445795 14.952091
2021-04-21 17:00:00 13.482796 13.482796 15.074454
2021-04-20 17:00:00 12.713488 15.221029 15.176810

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 10.874439 9.616537 9.573316
2021-04-25 17:00:00 9.265010 9.265010 9.928594
2021-04-24 17:00:00 7.298881 7.298881 10.096597
2021-04-23 17:00:00 9.421586 9.421586 10.321719
2021-04-22 17:00:00 14.027694 14.027694 10.588141
2021-04-21 17:00:00 9.465738 9.465738 10.907508
2021-04-20 17:00:00 11.699931 11.699931 11.102410

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 5.549390 17.758047 20.918940
2021-04-25 17:00:00 20.375000 20.375000 20.847761
2021-04-24 17:00:00 21.536351 21.536351 21.070885
2021-04-23 17:00:00 23.020706 23.020706 21.234984
2021-04-22 17:00:00 23.276836 23.276836 21.577969
2021-04-21 17:00:00 16.398104 21.625000 22.009111
2021-04-20 17:00:00 18.527919 18.527919 22.364740

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 11.419753 28.425926 15.905029
2021-04-25 17:00:00 19.032639 19.032639 15.628470
2021-04-24 17:00:00 16.253361 16.253361 15.336859
2021-04-23 17:00:00 15.605014 12.049117 15.147109
2021-04-22 17:00:00 12.484472 12.484472 15.130671
2021-04-21 17:00:00 12.170543 14.627329 15.075059
2021-04-20 17:00:00 14.267597 14.267597 15.056539

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 17.180381 25.026802 13.323404
2021-04-25 17:00:00 13.038892 13.038892 13.114663
2021-04-24 17:00:00 10.898651 10.898651 12.994496
2021-04-23 17:00:00 12.517474 12.517474 12.864578
2021-04-22 17:00:00 10.968963 10.968963 12.829499
2021-04-21 17:00:00 12.595420 12.595420 12.845612
2021-04-20 17:00:00 15.835671 15.835671 12.934002

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 35.670732 35.670732 28.833070
2021-04-25 17:00:00 30.981120 30.981120 29.139299
2021-04-24 17:00:00 25.665102 25.665102 29.081834
2021-04-23 17:00:00 30.812169 30.812169 29.651049
2021-04-22 17:00:00 28.426682 28.426682 30.191421
2021-04-21 17:00:00 17.495396 17.495396 30.114091
2021-04-20 17:00:00 30.069078 30.069078 30.287933

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 9.099181 5.310674 10.017017
2021-04-25 17:00:00 8.936377 8.936377 10.060349
2021-04-24 17:00:00 10.548087 10.548087 9.717819
2021-04-23 17:00:00 12.133072 12.133072 9.722395
2021-04-22 17:00:00 11.462882 11.462882 10.012109
2021-04-21 17:00:00 12.632085 12.632085 10.241315
2021-04-20 17:00:00 12.539611 12.539611 10.313700

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 12.294350 5.431751 6.530858
2021-04-25 17:00:00 7.483423 7.483423 6.496609
2021-04-24 17:00:00 6.786384 6.786384 6.533550
2021-04-23 17:00:00 7.096362 7.096362 6.590488
2021-04-22 17:00:00 6.940547 6.940547 6.615027
2021-04-21 17:00:00 6.348078 6.348078 6.601932
2021-04-20 17:00:00 4.873428 6.331246 6.609096

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 16.260163 16.260163 13.375133
2021-04-25 17:00:00 13.906057 13.906057 13.199987
2021-04-24 17:00:00 12.590253 12.590253 13.186208
2021-04-23 17:00:00 13.909774 13.909774 13.153062
2021-04-22 17:00:00 12.286563 12.286563 13.224129
2021-04-21 17:00:00 12.377850 12.377850 13.309309
2021-04-20 17:00:00 12.559140 12.559140 13.209061

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 11.082867 13.757832 14.485420
2021-04-25 17:00:00 13.492935 13.492935 14.866525
2021-04-24 17:00:00 14.036898 14.036898 15.471625
2021-04-23 17:00:00 15.063746 15.063746 16.132540
2021-04-22 17:00:00 15.045574 15.045574 16.914163
2021-04-21 17:00:00 14.016191 14.016191 17.670832
2021-04-20 17:00:00 12.128695 12.128695 18.633767

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 16.803279 5.728924 11.665450
2021-04-25 17:00:00 12.871287 12.871287 11.957131
2021-04-24 17:00:00 12.494558 12.494558 12.185522
2021-04-23 17:00:00 14.386584 14.386584 12.300235
2021-04-22 17:00:00 13.412229 13.412229 12.482876
2021-04-21 17:00:00 14.248990 10.980536 12.750230
2021-04-20 17:00:00 11.961451 11.961451 12.816673

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 4.747774 4.747774 6.149278
2021-04-25 17:00:00 3.892617 3.892617 6.232382
2021-04-24 17:00:00 10.132159 10.132159 6.278105
2021-04-23 17:00:00 3.356890 3.356890 6.412177
2021-04-22 17:00:00 9.450830 9.450830 6.570401
2021-04-21 17:00:00 4.567541 8.303887 6.663442
2021-04-20 17:00:00 1.162791 1.162791 6.627290

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 1.626016 5.874499 5.953880
2021-04-25 17:00:00 8.909574 8.909574 5.910500
2021-04-24 17:00:00 6.614447 6.614447 5.811645
2021-04-23 17:00:00 5.919854 5.919854 5.590074
2021-04-22 17:00:00 7.947020 7.947020 5.362438
2021-04-21 17:00:00 9.298532 5.138662 5.178597
2021-04-20 17:00:00 4.108584 4.108584 5.083544

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 15.533981 35.412475 34.845122
2021-04-25 17:00:00 30.536913 30.536913 35.204012
2021-04-24 17:00:00 25.597270 25.597270 35.082631
2021-04-23 17:00:00 37.065637 37.065637 36.025715
2021-04-22 17:00:00 45.814978 45.814978 36.599349
2021-04-21 17:00:00 50.420168 50.420168 37.307317
2021-04-20 17:00:00 28.145695 28.145695 37.963598

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 19.825480 16.177076 16.588610
2021-04-25 17:00:00 20.148331 20.148331 16.265365
2021-04-24 17:00:00 12.299625 12.299625 16.098429
2021-04-23 17:00:00 18.421053 18.421053 16.098375
2021-04-22 17:00:00 21.028440 21.028440 16.179586
2021-04-21 17:00:00 16.583158 16.583158 16.336885
2021-04-20 17:00:00 14.785992 14.785992 16.313475

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 17.427841 17.427841 38.126689
2021-04-25 17:00:00 50.376884 50.376884 38.094119
2021-04-24 17:00:00 35.154062 35.154062 38.427912
2021-04-23 17:00:00 59.243697 59.243697 38.383497
2021-04-22 17:00:00 46.039845 46.039845 38.720331
2021-04-21 17:00:00 38.955275 38.955275 38.807005
2021-04-20 17:00:00 33.752860 33.752860 39.031542

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 7.640068 9.042017 9.215818
2021-04-25 17:00:00 6.759907 9.558339 9.340854
2021-04-24 17:00:00 8.710562 8.710562 9.327870
2021-04-23 17:00:00 8.800264 8.800264 9.359812
2021-04-22 17:00:00 9.185102 9.185102 9.304145
2021-04-21 17:00:00 10.535466 10.535466 9.178452
2021-04-20 17:00:00 8.666453 8.666453 9.156537

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 13.981167 13.981167 13.051291
2021-04-25 17:00:00 16.541940 16.541940 12.925140
2021-04-24 17:00:00 12.196480 12.196480 12.855395
2021-04-23 17:00:00 9.869468 9.869468 12.849547
2021-04-22 17:00:00 12.641003 12.641003 12.902752
2021-04-21 17:00:00 13.426457 13.426457 12.929547
2021-04-20 17:00:00 12.440399 12.440399 12.940405

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 17.300469 9.128065 10.630355
2021-04-25 17:00:00 11.968918 11.968918 10.816051
2021-04-24 17:00:00 10.217968 10.217968 10.974184
2021-04-23 17:00:00 10.783787 10.783787 11.185686
2021-04-22 17:00:00 11.855142 11.855142 11.378403
2021-04-21 17:00:00 11.457951 11.457951 11.608598
2021-04-20 17:00:00 9.274194 9.274194 11.775510

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 21.739130 14.778325 14.688313
2021-04-25 17:00:00 17.706577 17.706577 14.831797
2021-04-24 17:00:00 13.671875 13.671875 14.703803
2021-04-23 17:00:00 20.120120 16.216216 14.911812
2021-04-22 17:00:00 17.070218 13.377724 14.967833
2021-04-21 17:00:00 14.304636 14.304636 15.222130
2021-04-20 17:00:00 11.805556 11.805556 15.230983

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 76.811594 33.333333 30.101010
2021-04-25 17:00:00 28.089888 28.089888 29.341130
2021-04-24 17:00:00 29.032258 29.032258 29.049961
2021-04-23 17:00:00 27.607362 27.607362 28.744430
2021-04-22 17:00:00 22.674419 22.674419 29.053332
2021-04-21 17:00:00 34.328358 34.328358 29.506088
2021-04-20 17:00:00 14.893617 21.671827 29.175568

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-26 17:00:00 19.822156 35.309374 31.345077
2021-04-25 17:00:00 26.621622 26.621622 30.678392
2021-04-24 17:00:00 14.898489 28.816061 30.066977
2021-04-23 17:00:00 73.352232 73.352232 29.331987
2021-04-22 17:00:00 23.981900 23.981900 28.718843
2021-04-21 17:00:00 31.913652 31.913652 28.098546
2021-04-20 17:00:00 20.685053 20.685053 27.496724

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.874439 9.616537 9.573316
Basilicata 5.549390 17.758047 20.918940
Calabria 11.419753 28.425926 15.905029
Campania 17.180381 25.026802 13.323404
Emilia-Romagna 35.670732 35.670732 28.833070
Friuli Venezia Giulia 9.099181 5.310674 10.017017
Lazio 12.294350 5.431751 6.530858
Liguria 16.260163 16.260163 13.375133
Lombardia 11.082867 13.757832 14.485420
Marche 16.803279 5.728924 11.665450
Molise 4.747774 4.747774 6.149278
P.A. Bolzano 1.626016 5.874499 5.953880
P.A. Trento 15.533981 35.412475 34.845122
Piemonte 19.825480 16.177076 16.588610
Puglia 17.427841 17.427841 38.126689
Sardegna 7.640068 9.042017 9.215818
Sicilia 13.981167 13.981167 13.051291
Toscana 17.300469 9.128065 10.630355
Umbria 21.739130 14.778325 14.688313
Valle d'Aosta 76.811594 33.333333 30.101010
Veneto 19.822156 35.309374 31.345077

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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